Mira, cuando utilizaba Win98, yo lo hacía de esa forma y manual.
Desactivaba del SETUP del BIOS los puertos COM dejándolos en DISABLE, luego apagaba el equipo, quitaba la tarjeta PCI con puertos COM, iniciaba el equipo, me fijaba en los dispositivos y si aparecía algo en los puertos COM aunque NO tuviera tarjeta y estuvieran los internos en DISABLE, los borraba y si instaba algún controlador para la tarjeta PCI, los desinstalaba.
Luego apagaba el equipo, volvía a conectar la tarjeta PCI, iniciaba Win98, si pedía los controladores se los instalaba y revisaba en los dispositivos el puerto e IRQ asignado.
Si NO tomaba los puertos COM1 o COM2 o los que necesitaba, los editaba manualmente con estos valores.
Cita: COM ------ IO ----- IRQ
-- 1 ------ 3F8 ------ 4
-- 2 ------ 2F8 ------ 3
-- 3 ------ 3E8 ------ 4
-- 4 ------ 2E8 ------ 3
A mi me funcionó casi en el 100% de las veces cuando usaba modem analógicos o algún dispositivo que necesitaba puertos COM.