Gracias caricatos, lo acabo de solucionar y muy fácil.
Justamente hice una comprobación del contador y luego redireccioné hacia la pagina Php, se ejecuto lo que quería en php y luego volvió a la pagina de inicial y el usuario nunca se entero que paso de la pagina 1(javascript) a la pagina 2.php(php) y de ahí a la pagina 1(javascript), sino que solo vio que se refresco la pagina 1(javascript).
