Problema de archivos desconocidos

[wilsailor]

Hola a todos:
Tengo un problema con un sitio web. Me han aparecido unos archivos desconocidos para mi y el sitio no funciona correctamente. Los tengo localizados, pero no entiendo como funcionan. El primero se llama intro.php y esta en una carpeta que se utiliza muy poco, y dentro del codigo hay una llamada a otro archivo en otra carpeta que tambien se utiliza muy poco llamado modifuntiones.php. El codigo de este archivo esta codificado y contiene algo como "eval(base64_decode(rawurldecode)" con un monton de caracteres. He probado de decodificarlo con algunos scripts online, pero solo lo hace parcialmente, en cualquier caso es casi incomprensible para mi. Tambien he probado de borralos pero entonces deja de funcionar todo el sitio.
La cuestion es que no se que hacer y necesito ayuda, si alguien pudiera echarle una miradita le enviaria los archivos en formato txt y le estaria eternamente agradecido.

De todas maneras, gracias por adelantado a todos