Estás usando el propio método de BCrypt?
Sería así:
Código PHP:
String password_entrada = //password en texto plano
String passwordCifradoBD = //password cifrado obtenido de la bd
boolean valid = BCrypt.checkpw(password_entrada, passwordCifradoBD);
Y ya tendrías en tu variable valid true o false según esté bien la clave o no.
Aquí tienes la implementación original para java:
http://www.mindrot.org/projects/jBCrypt/