Perdonad que hable solo, creo que lo he solucionado. Eran cosas de permisos efectivamente, se ha solucionado con el comando chown:
http://www.linuxparatodos.net/portal...mo-chown-chgrp
Básicamente he tenido que dar
chown MiFtpUser -R Path en el servidor.
Un saludo!
Edit:
Ahora puedo trabajar en localhost e ir subiendo archivos por el FTP, el SSH se queda para los comandos generate, migrate... etc.
Lo malo que va a generar archivos con permisos de root... ¡me voy a prender fuego! voy haber si puedo dar permisos de conexión al usuario ftp