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Iniciado por GatorV 
La idea es que veas y aprendas como poder mover las carpetas en Zend, puedes poner todo en un subdirectorio, solo es cuestión que uses el baseUrl Helper, si vas a mover todo a una subcarpeta no es necesario tener un .htaccess en la carpeta raiz, y tienes que dejar tu index en la subcarpeta no en public, es decir:
/miproyecto/public/index.php <- mal
/miproyecto/index.php <- bien
y dentro de mi proyecto pones application, library, etc, y solo ajustas los paths para que apunte a la carpeta Application y Library.
Saludos.
GatorV, nuevamente muchas gracias, asi fue como pude solucionarlo y me ha quedado perfectamente claro.
Quisiera añadir un agradecimiento extra porque llevo 3 meses incursionando en el mundo de Zend Framework y me haz ayudado muchísimo en la gran mayoría de los problemas a los que me he enfrentado.