Base se actualize automaticamente

[repara2]

Este sistema te va a dar problemas con cualquier tipo de usuarios, la cosa es asÍ:
1. Una aplicación servidor tal como ya tienes para trabajar online
2. Una aplicación en cada cliente para trabajar offline, puede ser PHP, Java o lo que sea.
3. En modo offline se guardan los datos en archivo, base de datos, etc...
4. En cada maquina cliente un cronJob comprueba cada x minutos si hay conexión, si hay conexión y hay datos para enviar entonces los envia.

Para enviar y recibir los datos que se guardaron en modo offline puedes desarrollar un webservice.
Los datos offline es más facil guardarlos en archivos, tal vez en xml.
La aplicación cliente puedes hacerla en PHP si no trabajas con otra cosa, de hecho, podría ser una copia de tu app actual pero trabajando con archivos.
Alguna vez he tenido este problema y lo he solucionado como te comento, el problema es que en modo offline pierdes control de la app en el cliente y tienes en problema de las x instalaciones personalizadas que tienes que hacer: Windows, Linux, Mac, máquinas antiguas, máquinas hechas polvo, etc...