Hola yo te recomendaría mejor, mientras te familiarizas con WordPress, no tocar mucho las plantillas. Podrías empezar creando un child theme de Tweenty Eleven, por ejemplo. De esta forma solo tendrías que tocar el CSS para personalizarlo con un estilo que guarde relación con el diseño de tu web.
Para comenzar puedes leer qué es esto del Child Theme en el propio codex de WordPress:
http://codex.wordpress.org/Child_Themes
Y después ver y practicar con algunos ejemplos sencillos en tutoriales como este:
http://theme.fm/2011/07/how-to-creat...ty-eleven-791/ o este:
http://wp.tutsplus.com/tutorials/the...twenty-eleven/
Una vez familiarizado, ya podrás meterte en cambios más profundos en las plantillas...
El propio tema lleva muchas indicaciones de ayuda en su archivo functions.php