A mi en ocasiones tambien me pasa lo mismo, cuando genero xml quiero añadirles salto de linea y tabulados.
Una forma para definirlos seria usando por ejemplo
Código PHP:
define("salto", "\n");
define("salto", "\n<br>");
define("salto", "<br />");
Creo que cualquiera sirve pero has tu mismo la prueba a ver cual funciona proque ahora no tengo a la mano códigos viejos.
Con eso ya solamente lo anexas en tu código y listo
Código PHP:
echo '<li'.$opcionActiva.'><a href="#">'.$menu[$i].'</a></li>'.salto.';'