Problema con Stock

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Hay muchas maneras de controlar un stock pero sólo una se adapta a lo que tú quieres. En cualquier caso, te falta la relación producto/ubicación para saber cuál es el stock en cada almacén. Esto se logra simplemente con una tabla stock con los id de almacén/producto y el stock de cada uno. Para obtener los resultados necesitarás usar JOINS. Respecto de los movimientos, ahora que recién empiezas puedes ampliar un poco el horizonte, en lugar de tener "entrada" y "salida" puedes tener una tabla de movimientos con n tipos de movimientos., Se puede seguir con este tema mucho rato pero con lo que tienes ya puedes empezar.