una bd trabaja con id y la otra trabaja con el nombre supongo que te refieres a que no tienes un campo común entre ambas tablas para hacer una inserción directa. Entonces tendrás que comparar con str_cmp pero te arriesgas a obtener muchísimos fallos ya que el nombre no te garantiza la integridad referencial.
Si simplemente quieres copiar de una db a otra, entonces es sólo select e insert, por ejemplo así:
http://barcoavenus.blog.com/2010/12/...una-db-a-otra/