Cada tabla de una base tiene su propio charset y collation. Normalmente e charst se hereda del definido para la base, pero se peude indicar a cada tabla y a cada cmpo de carateres uno específico, por lo que el charset por defecto de la base puede no ser operativo para un caso específico.
Normalmente, un script que se cargue con "SOURCE" en MySQL requiere ser creado como UTF-8, pero si los campos de caracteres fuesen Latin-1, por ejemplo, el resultado es catasrófico.
El único modo de ver qué estructura tiene una tabla es usando un editor como MySQL Workbench, MySQL Query Browser, phpMyadmin o algo así. De lo contrario deberás recapturar la creación de cada tabla con
La pregunta que cabe es: ¿Cómo se creó ese script? ¿Lo hiciste tu, o es un backup de algo?