La verdad es que Google está haciendo una cosas muy raras, no sé qué aconsejar. En principio un dominio configurado como alias ya está redireccionado, digo en principio por si existe alguna posibilidad de error. Creo que algo ha cambiado en el buscador y por eso lo ha indexado. En mi caso tengo mi-dominio.com desde hace 5 años (más o menos), hace uno compré la versión midominio.com (sin guión) y el nuevo lo añadí como alias, es decir nunca se ha podido ver la web en ese dominio porque redireccionaba al de con guión (mi-dominio.com). Desde unas semanas está indexado, sólo la raiz del dominio afortunadamente, con los mismos datos.
En principio como no afecta al posicionamiento no he tocado nada.