Hola,
La etiqueta script se puede colocar en el body, en el header o despues de la etiqueta html, te sugiero que la coloques en el header. Respecto al valor de los parametros en cuestion los puedes dejar vacios o incluso quitarlos, o sea:
<PARAM id="idParam" NAME=FlashVars
value="">
<embed id="idEmbed" src="pelicula.swf"
FlashVars="" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" name="spa_menu" width="129" height="430" quality="Best" menu="false">
ó quitarlos
<PARAM id="idParam" NAME=FlashVars >
<embed id="idEmbed" src="pelicula.swf" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" name="spa_menu" width="129" height="430" quality="Best" menu="false">
Prueba si haciendo estos cambios funciona y escribes como resulto.