Cuando hablaba de línea, me refería a "línea de investigación".
El problema seguramente es que se firma y luego el MTA o algo asociado a él modifica cabecera o mensaje con lo que la firma ya no corresponde.
Opendkim tiene todavía muchos bugs y es muy difícil de analizar. Aumenta el debug a ver si así puedes encontrar el fallo.
Un saludo.