Puedes añadir esto al archivo .htaccess:
 
Si quieres que te abra una pagina cuando de el error:  
 Código PHP:
    ErrorDocument 404: "error.php" 
    
  Si quieres que te escriba un mensaje de error:  
 Código PHP:
    ErrorDocument 404: "La pagina que ha solicitado no existe" 
    
  Puedes modificar el mensaje si quieres 
 
La posicion en el .htaccess no es relevante, pero yo lo añadiria al final del archivo