Primero comprueba como estableces la condición de si te toca la primitiva. Creo que si el último número está tachado el programa reconoce como si te ha tocado la primitiva. Debes establecer la condición sobre el número de iguales=9 no sobre el true/false.
Como contemplas que se puedan repetir? Bueno, en principio se pueden repetir, por lo tanto no se donde está el problema. Y que te los guarde. En principio los guardas en el array. (Creo que no entendí tu duda).
Lo del número. Creo que te peta en la comprobación del número.
Pide que te pinte por pantalla el boleto después de introducir el número y antes de la comprobación:
numeroUsuario = EjercicioPrimitiva.IntroducirNumeroTeclado();
//Pinta el boleto aquí en medio
EjercicioPrimitiva.ComprobarNumero(numeroUsuario, arrayNumeros);
Así compruebas que realmente es el boleto asignado, ya que en la función:
public static void GuardarNumeros(int arrayNumeros[]){
for(int i=0; i<arrayNumeros.length; i++){
int numeroSorteo = EjercicioPrimitiva.GenerarNumero();
arrayNumeros[i] = numeroSorteo;}}
no devuelves ningún valor