Solucionado. Con la imagen creada, volver a crear otra y meter la creada
Código PHP:
$cabeza = imagecreatefromjpeg("url imagen1");
$cuerpo = imagecreatefrompng("url imagen2");
imagecopy( $cabeza,$cuerpo, 0, 0, 0, 0, 200, 200);
$cuerpoImg = imagecreatefrompng("url imagen2");
imagecopy( $cuerpoImg,$cabeza, 0, 0, 0, 0, 200, 200);
header("Content-type: image/png");
imagepng($cuerpoImg);
imagedestroy($cuerpo);
imagedestroy($cuerpoImg);
imagedestroy($cabeza);