En MySQL con un simple ABS puedes tener la diferencia en DIAS con DATEDIFF y el valor lo podrias dar como positivo con ABS:
 
SELECT ABS(DATEDIFF ('".$fecha_inicial."','".$fecha_final."') )  
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ction_datediff 
En Dias, Horas y Minutos    
Código MySQL:
Ver original- /* DIAS: */ 
-   
- /* HORAS: */ 
- SELECT MOD(HOUR(- TIMEDIFF ('".$fecha_inicial."','".$fecha_final."') ), 24);
 
-   
- /* MINUTOS: */ 
- SELECT MINUTE(- TIMEDIFF ('".$fecha_inicial."','".$fecha_final."') );
 
Tambien con el TIMESTAMPDIFF podrias hacerlo 
Creo que esto seria tema de Base de datos, pero en PHP facilmente lo puedes tener con mktime:  
http://php.net/manual/en/function.mktime.php  
Saludos