\n en php es un salto de linea y genera un error en javascript, para que el \n (al igual que el \r) te sea interpretado por el javascript y no el php, tenes que hacerlo literal, al igual que haces con las comillas dentro de un echo (\" ), en conclusión, lo correcto es
\\n\\r para el salto de linea
Código PHP:
Ver original<?php
echo "<a onclick=\"javascript:if(!confirm('¿Está seguro que desea eliminar el Apiario?\\n\\rAl eliminar el apiario se eliminaran todas las colmenas y reinas relacionadas a el...'));return false;\"
href=\"ENLACEELIMINARFOTO\">
<img src='brindis.jpg' alt='Eliminar Apiario' width='16' height='16' border='0' /></a> ";
?>
Saludos