¿Cómo deberían de estar organizados los archivos en el servidor?

[DarkKing]

Muy buenas,

Tengo varios años de experiencia en el desarrollo de páginas web, pero siempre quedan algunas dudas sueltas. Una de ellas es la que pregunto en el título.
Yo lo suelo organizar de la siguiente forma:

/img -> Archivos de imagen
/css -> Hojas de estilo
/js -> Funciones en JavaScript
/inc -> Archivos a los que llamo mediante include/require
/inc/libs -> Librerías/clases PHP

1. Si uso una función en ajax que ejecuta una petición a otra página php dentro de mi misma web, por ejemplo, para votación, a la que le paso valores mediante GET y me devuelve un resultado, ¿en qué carpeta debería de estar el archivo?
¿ /scripts/votacion.php estaría bien?

2. Si tengo un script que genera un código captcha, ¿dónde se debería de ubicar el script?
¿/scrips/captcha.php o /captcha.php?

Y si en captcha.php uso una fuente.ttf, ¿dónde almacenaría el archivo de la fuente?
¿/recursos/fuente.ttf, inc/varios/fuente.ttf...?