¿Cómo deberían de estar organizados los archivos en el servidor?

[ShuyithoKruz]

pues yo tampoco se como van pero yo lo tengo asi en carpeta general para todo llamada "library" dentro de estan ya especifico los tipos de archivos

library/icons/ --- > favicons, apple touch icons, etc
library/images/ -- > imagenes en general jpg, png, gif, etc
library/files/ --- > cualquier archivo que tenga en el servidor para descarga para usuarios como programas etc
library/includes/ --- > aqui van todos los include .php etc
library/scripts/ -- > todos los archivos que tengan que ver con javascript
library/scripts/jquery/ -- > todos los archivos que tengan que jquery y librerias
library/styles/ --- > todas las hojas de estilo para la web
library/fonts/ --- > todas las fuentes tipograficas, etc
library/swf/ --- > todas las peliculas flash o archivos flash
library/xml/ --- > archivos xml como para rss, opensearch, etc

espero que te ayude