Al cerrar popup me cancela lo hecho con AJAX

[holachiche]

Les comento:
Tengo dos archivos, uno prueba.php que llama a un popup pop1.php. Desde el popup hago ciertas operaciones con AJAX para refrescar un div en prueba.php y anda bien, ahora yo quiero que luego de esas operaciones (refrescar el div) se cierre entonces le pongo:
window.close();

y para mi sorpresa el popup se cierra pero el div que refresque en la otra pagina se me pone en blanco, no entiendo por que.
Mas curioso aun es que si yo cierro manualmente el popup con la X de la esquina de la ventana o con la misma linea de codigo que puse arriba pero dentro de un hipervinculo... la ventana se cierra y el div queda bien!!
Agradezco de antemano su ayuda saludos!!