Empezando con Doctrine 2.2.1

[masterpuppet]

Vamos por partes, el find deberia ser algo asi:

Código PHP:

$em->find('Entity\Category', 1);
 

Ahora con respecto a como lo estas utilizando, parece ActiveRecord, no es la idea en D2 y si bien son pruebas ten en cuenta que el DQL debería ir en los repositorios.

Te dejo un ejemplo de como podría ser, algo así:

DoctrineLanzador.php

Código PHP:

...
$em = EntityManager::create($dbParams, $config);
return $em;
 

Lanzador.php

Código PHP:

...
require_once $rutaControlador;
$registro = new claseRegistro();
$registro->set('em', include 'DoctrineLanzador.php');
...
 

Controller

Código PHP:

public function prueba()
{
    $em = $this->_regs->get('em');
    //READ
    $category = $em->find('Entity\Category', 1);
    ....
    $repo       = $em->getRepository('Entity\Category');    
    $categories = $repo->findActiveCategories();
 
    //WRITE
    $category->setName('Custom name');
    $em->persist($category);
    $em->flush();    
}
 

Custom Repository

Código PHP:

namespace Entity\Repository;
 
use Doctrine\ORM\EntityRepository;
 
class CategoryRepository extends EntityRepository
{
     public function getActiveCatgories()
     {...}
}
 

Category

Código PHP:

namespace Entity;
 
use Doctrine\Common\Collections\ArrayCollection;
 
/** 
 * @Entity(repositoryClass="Entity\Repository\CategoryRepository")
 * @Table()
 */
class Category
{...}
 

Saludos.