El problema que tenes, es de conceptos debido a que
Active Directory ya utiliza implícitamente LDAP.
El otro problema que tenes, es que NO estas utilizando un servidor de dominio por lo que no hay usuarios que se autentiquen al mismo y por lo tanto, vas a tener que poner claves por cada carpeta que compartas o crear grupos con permisos.
Si queres un buen orden, simplemente promociona ese servidor como de dominio y ahí administras todo a como se debe.