Pues que me estoy poniendo de nuevo con el PHP despues de unos añitos sin tocarlo y veo que en uno de mis codigos antiguos tengo los enlaces de esta forma:
<a href="?seccion=inicio">Inicio</a>
Y no entiendo que me llevó en su dia a ponerlos asi porque no entiendo que no tuvieran delante algo del orden pagina.php;
<a href="pagina.php?seccion=inicio">Inicio</a>
Si alguien me lo puede aclarar... mientras tanto seguiré investigando en el código.
P.D: el código tal como estaba funcionaba.