Tiene un sentido semántico.
Los div son cajas donde acomodar cosas, en cambio las listas le dicen al navegador que son lo que son los enlaces en un menú, es decir una "lista de enlaces", un listado de enlaces si quieres.
Entonces si es un listado, una lista, ¿donde deberían ir?, entre las etiquetas de listas html por supuesto.
Te dejo un link sobre el tema:
http://librosweb.es/xhtml/capitulo5.html
Y otro por las dudas:
http://www.cristalab.com/tutoriales/...-listas-c130l/