No lo he probado, pero yo lo que haría sería tener un código de analytics para el dominio principal, igualmente, para cada subdominio su propio código de analytics.
Pero como extra en el código de los subdominios incluiría también el código del dominio principal.
Ver ejemplo en:
http://www.forosdelweb.com/f64/dupli...litica-973442/
De este modo deberías tener para el dominio principal las estadísticas de todo el sitio y en cada subdominio las propias estadísticas.