Lo hice Logre lo que queria recorro los campos y voy restando. o al menos voy encaminado si alguien lo requiere aca esta. Saludos..
    Código PHP:
    if($cantidad>$cantidadMaterial){    
                    do{        
                            $salida->SetIdArticulo($articulo);
                            $salida->SetMarcaArticulo($marca);
                            
                                $consultaArticulo = $salida->consultar_articulo();
                        // Creo variables con los valores que voy a utilizar retornados de la consulta
                                    for($j=0; $j<count($consultaArticulo);$j++)
                                    {
                                        $cantidadMaterial    = $consultaArticulo[$j][4];                
                                            
                                        $resta=$cantidad-$cantidadMaterial;                        
                                        $salida->SetCantidad($cantidadMaterial-$cantidadMaterial);
                                        $salida->setFechaEdicion($suma);
                                        $modificar=$salida->Modificar_Material();            
            // A la nueva consulta le restare, el resto que me quedo de la cantidad enviada(cantidad).
                                        if ($modificar!='-1') {
                                            $deshacer = true;
                                            }                
                                            else{
                                                $salida->SetIdDetalle($idDetalle);
                                                $salida->SetCantidad($cantidadMaterial);
                                                $registrar=$salida->RegistrarSalidaDetalle();
                                                if ($registrar!='-1') {
                                                    $deshacer = true;                                                        
                                                }                                        
                                            }
                                            $cantidad=$resta;
                                    }
                                    $i++;
                    }while($cantidad>$cantidadMaterial);