Perdona, había leído mal y malinterprete lo que querías. Debería funcionar si no hay por ahí algún fallo que ha pasado desapercibido.
Me gustaría saber la estructura que tiene la tabla 'ml_dat_ASISTENCIA', no vaya a ser que por algún caso tenga ID_GRUPO como PK y por eso solo te guarde el primero, ya que todos llevan el mismo id de grupo.
En cualquier caso, añade un mysql_error() a la sentencia de insert para ver que fallos te puede estar dando:
Código PHP:
$insertar=mysql_query("INSERT INTO ml_dat_ASISTENCIA(ID_GRUPO,ID_ALUMNO,ASISTENCIA,FECHA_ASIST) VALUES('$GRUPO[$i]','$ALUMNO[$i]','$ASISTENCIA[$i]','$FECHA_ASISTENCIA[$i]')",$conexion)or die(mysql_error());