te muestro como cambia
www.pergaclasificados.com.ar <- pongo mi web en el directorio principal y se ve mal
www.pergaclasificados.com.ar/local <- La pongo en una subcarpeta y se ve como en realidad es
la diferencia es que aparece un espacio en blanco arriba en el body y tambien que no aparecen los box shadows y los margin en IE
es muy raro el error