Hola.
Como a mí me ha costado bastante encontrar una solución que me fuera válida, la pongo aquí.
He visto que la gente solucionaba los saltos de línea con \n , o en sistemas Windows con \r\n. A mí esto no me funcionó, al igual que otras muchas cosas que he probado.
En mi caso (servidor Unix), en vez de \n, me ha funcionado chr(10) (en sistemas Windows sería chr(13) . chr(10) (en ese orden)).
Código PHP:
$archivo_a_exportar = fopen($nombre_archivo, "w")
$linea = 'texto a escribir';
fwrite($archivo_a_exportar, $linea . chr(10));
fclose($archivo_a_exportar);
Saludos.