¿BBDD separadas o en una misma?

[zeuslife]

Buenos días,

Estoy creando una aplicaicón bastante grande, que maneja muchos datos, y me ha surgido una duda a la hora de manejar las bbdd. Al principio, yo lo organicé en bbdd (digamos que todo lo relacionado con usuarios en una bbdd, lo relacionado con archivos en otra, lo relacionado con mensajes en otra...) Pero claro, a la hora de interactuar tiene que ser todo por código, y estas no pueden ser relacionales...

Que es mejor, ¿mantener cada cosa en una base de datos, perdiendo así capacidad de relación, pero con vista a escabilidad de cada bbdd, o unificarlo todo y mejorar así las relaciones?


Un saludo!