Realmente no es un problema que este ligado a php ni tampoco se por que te puede estar haciendo este comportamiento, pero como ya postiaste este asunto en php me gustaría hacerte una sugerencia quizás con el uso de hojas de estilos puedas tener mayor control y resuelvas el problema.
Tu codigo quedaria de esta forma.
Código PHP:
Ver original<style type="text/css">
.rojo td{
background-color:#FA5858;
}
.azul td{
background-color:#58ACFA;
}
.verde td{
background-color:#9FF781;
}
.naranja td{
background-color:#F7BE81;
}
</style>
<?php
{
$class_color = "rojo";
if ($row['sector']=="BALSOS"){ $class_color = "rojo"; }
elseif ($row['sector']=="POBLADO"){ $class_color = "naranja";}
elseif ($row['sector']=="LOMAS"){ $class_color = "azul";}
elseif ($row['sector']=="AGUACATALA"){ $class_color = "verde";}
?>
<tr class="<?php echo $class_color; ?>" >
<td><?php echo $row['piso'];?></td>
<td><?php echo $row['sector'];?></td>
<td><?php echo $row['numero_local'];?></td>
<td><?php echo $row['nombre']; ?></td>
<td><?php echo $row['telefono']; ?></td>
<td><?php echo $row['clasificacion']; ?></td>
<td><?php echo $row['nit']; ?></td>
<td><?php echo $row['razon_social']; ?></td>
<td><?php echo $row['marcas']; ?></td>
<td align="center"><button name="modificar" class="clean-gray" id="modificar" class="clean-gray" onclick="javascript:window.open('modificar.php?numero_local=<? echo $row['numero_local'];?>', 'Modificar', 'width=500px, height=450px, scrollbars=yes')" />Actualizar</button>
</td>
</tr>
<?php
}
?>
</table>
</body>
Saludos.