Colgar archivos fuera del directorio raiz de la página en hosting

[nomafeito]

Hola buenas, tengo una consulta, si alguno sabe se recomienda colocar los archivos includes fuera del directorio raiz del dominio, especialmente cuando son sensibles y contengan código PHP con manejo de tablas y restringir el acceso a los archivos fuera del directorio raiz.
Ahora bien, actualmente tengo un hosting compartido, quiero cambiar a un servidor dedicado y gestionado.
¿se podrá guardar archivos fuera del directorio raiz del dominio?
Porque hasta ahora cuando quería uploadear a mi hosting compartido via ftp siempre va a la carpeta raiz del dominio, no fuera de este.

Gracias un saludo, y disculpadme si no estoy en el foro correcto.