SOLUCIONADO.
El problema venia de donde me comentabas. En el script de Javascript se estaban escapando unas comillas y es por lo que no funcionaba. Modificando eso todo funciona a la perfección
Estos detallitos tontos son los que mas desesperan xD. Por lo tanto el codigo de ese script debe quedar asi:
Código:
<script type="text/javascript" charset="utf-8">
$(document).ready(function() {
$('#example').dataTable( {
"bPaginate": true,
} );
} );
</script>