Como dice repara2, vas a tener que cambiar de grupo a www-data (apache).
OJO! vas a tener que ser muy riguroso con los uploads a tu servidor.
aqui un link para ejecutar comandos ( como si estuvieras en la consola ), y con esto te das una idea.
http://www.ecualug.org/2007/jun/21/f...inux_desde_php