No sé qué tipo de ayuda estás buscando, si ya has llegado al diseño de tablas y has definido la lógica, sólo te queda... programar.
El menú también puede guardarse en una db y a partir de allí ejecutas selects que devuelvan los elementos para un perfil / usuario específico. Un buen sistema de permisos es el que usa drúpal:
http://www.mediaglobe.es/es/blog/dru...ios-y-permisos
Para más info supongo que tendrás que postear algo de código, saludos