Utiliza un if en este código:
Código PHP:
Ver original?>
<option value="<?php echo $rubro['id_rubro']; ?>"><?php echo $rubro['rubro']; ?></option>
<?php
de manera que:
Código PHP:
Ver original?>
<option value="<?php echo $rubro['id_rubro']; ?>" <?php if($rubro['id_rubro'] == VALOR_SELECCIONADO){ echo "selected"}; ?> ><?php echo $rubro['rubro']; ?></option>
<?php
claro que tienes que saber cuál es el rubro seleccionado para la empresa en cuestión, saludos.