Estructura sub paginas

[fiu]

Mi respuesta es la misma.
El problema es que usas rutas relativas. Es decir que href="index.php" desde la raiz, no dará el mismo resultado que href="index.php" desde dentro de una carpeta.
Las respuestas que te hemos dado es que uses rutas absolutas. Osea href="/menu.php" (es lo mismo que href="http://www.miweb.com/menu.php"). con rutas absolutas da lo mismo desde donde llames al menu, el link del menu siempre será a ese archivo que está en la raiz. Será lo mismo que index.php (en la raiz) llame a menu,php (en la raiz también), que c/c1.php (dentro de una carpeta) llame a menu.php (de la raiz), los links del menu serán siempre al mismo sitio sin importar desde donde se le esté llamando, los links siempre serán igual, de ahí lo de "absolutas".
E igual que los links son absolutos, los includes del menú también lo deberian ser en este caso, "include('/menu.php')" o "include('http://www.miweb.com/menu.php')", así no importa donde pongas la línea de ese include, puedes ponerla en la raiz o en "/c/c/c/..." si quieres, siempre abrirá el menú de la raiz.
Eso sí claro, has de modificar todas las rutas de las páginas a absolutas, tanto de los includes como de los links del menu o submenú.