Hola franjgg, es lógico que solo haga el fadeIn una sola vez con el código que estás usando. He visto que le sacaste el fadeOut y la condición de si había cambios.
Te lo explico una vez mas.
El fadeIn hace que algo que está invisible se vuelva paulatinamente visible y el fadeOut hace que algo que está visible se vuelva paulatinamente invisible.
Con el codigo que tenes ahora el <div id="content"/> se vuelve paulatinamente visible la primera vez y listo, las siguientes veces ya está visible, por eso el fadeIn no hace nada, por que ya está visible, no hay nada que hacer con el fadeIn, por eso puse el fadeOut, para que antes de usar el fadeIn el div esubiera invisible. El efecto que no querías (el de los fade cada un segundo) se controla con la condición que tenes que implementar.
Saludos