Hola:
No he utilizado ninguna de estas dos clases pero al parecer por el número de archivos que se necesitan comprimir el problema es en el tiempo máximo de ejecución de un script.
Para descartar que el problema sea de la clase comienza comprimiendo 5 archivos, luego 10, etc. Si en algun momento al subir el número de archivos revienta prueba a cambiar el limite de tiempo del script.
http://php.net/manual/es/function.set-time-limit.php
Igual lee el manual porque esta función no se puede usar cuando PHP se usa en modo seguro, en el manual esta completa la ayuda.
Espero que con esto se solucione tu problema o por lo menos sirva para replantear el problema.