Prueba agregando un height para cada sección, y cuando el usuario haga click en links para navegar, este ejecute un javascript que varíe el height dependiendo de la sección, ejemplo:
Código:
<script type="text/javascript">
function pagina(pagina, altura){
document.getElementById('navegar').src = pagina;
documtn.getElementById('navegar').style.height = altura + 'px';
return false;
}
</script>
<a href="#" onclick="return pagina('index.html', 800);">Página principal</a>
<a href="#" onclick="return pagina('contacto.html', 1000);">Contacto</a>
<!-- etc.. -->
<iframe id="navegar" src="ninguno_todavia.html" style="height: 1000px;"></iframe>