Hola Ruben
Primero la consulta relacionada no debe partir para nada de alumnos con alumnos.cod_materias_repite
ya que este en el proceso de inscripción se asigna individualmente (una fila por materia) en la tabla notas.
asi que para realizar lo que quieres debes
1.- Consultar la tabla alumnos para colocar los datos del mismo, tales como Cédula, nombre y apellido, Representante (en caso necesario), etc.
2.- hacer una consulta relacionada de la tabla notas y materias guiándote por el código del estudiante de la consulta anterior Ej:
select * from notas, materias where notas.codigo_alumno = '".$array['codigo']."' and materias.codigo = notas.codigo_materia order by materias.materia
no estoy seguro si los datos están correctos porque no tengo la tabla abierta, pero es algo así
estamos en linea
