Corriganme si me equivoco, pero hasta donde sé, no existe herramienta alguna para que te agrupe de manera automática un fichero css único derivado de varios ficheros.
Te tocaria hacerlo de forma manual @alegorico. Si son ficheros que tu has generado, no deberia de haber problema alguno en juntar todos tus codigos de css en uno solo. Si tienes códigos generados de algún plugin, es posible depurar estilos que sabes que no vas a aplicar, sin embargo para el correcto funcionamiento del mismo, te recomiendo no depurar tanto los estilos de algun plugin, para evitar un comportamiento extraño a la hora de implementarlo.
