Pues usa un array en el nombre de tus input del formulario ..
Código PHP:
<?
While ($registro=mysql_fetch_array($consulta)){
$id=$registro['id'];
<input type="text" name="cantidad[$id]" value="$registro['cantidad']">
}
?>
Falta más código de tu formulario .. pero esa es la idea .. Fijate bien en cantidad[] .. es un array que contendrá tus valores y te hace falta asignarle el ID de ese registro .. para eso uso un el indice asociativo de ese array.
Así que en tu script PHP que procesa ese formulario .. recoges tus ID -> cantidad
Código PHP:
foreach ($cantidad as $id => $unidades){
echo $id."<br>";
echo $unidades;
}
Con eso ya puedes hacer tu UPDATE a ese ID por ese campo cantidad con el valor de $unidades .. O bien una consulta SQL tipo IN(lista de valores) ...
Un saludo,