¿Qué debo hacer para poder actualizar correctamente?

[Vector_Latino]

o tambien podrias hacer en procesar.php esto:

Código PHP:

if (is_uploaded_file($_FILES['foto']['tmp_name'])== true) {
    move_uploaded_file ($_FILES['foto']['tmp_name'], $destino.$_FILES ['foto']['name']); 
    $ruta = $destino.$_FILES['foto']['name']; 
    $updatePhoto = ",`ruta` ='".$ruta."'"; 
}else {
    $updatePhoto = '';
}
// y cuando vayas a actualizar haces:
 $updateSQL = sprintf("UPDATE alumnos SET  Nombre=%s, ApellidoPaterno=%s, ApellidoMaterno=%s".$updatePhoto.", WHERE rfcalumno=%s",
 

Creo que esto también funcionaria y es mucho mas segura que la que coloque antes.
Espero te sirva.