Comparar dos listas de dominios (sugerencia como hacerlo)

[cuasatar]

pues yo crearia a partir de los txt arreglos y usando la función array_diff haria la comparativa. Igual si tienes dudas mira en el manual de php funciones de arrays. Con lo que te comento fontanares pues iniciar es decir, si las cadenas no son iguales haga la comparación.