fíjate que estás recorriendo toda la tabla, y por eso te entra en If.
No seria mejor que lo solucionases al hacer la consulta?
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM tblpus where fldPartNumber='$pieza'";
$consulta=mysql_query($sql,$conexion);
if(mysql_num_rows($consulta)==0){
$sql="INSERT INTO tblpus (fldWork, fldPartNumber, fldDUNS, fldPUS, fldDate, fldHour, fldAmount, fldMonitor)VALUES('".$trabajo."','".$pieza."','".$duns."','".$pus."','".$fecha."','".$hora."','".$cantidad."','".$monitor."')";
$consulta=mysql_query($sql,$conexion);
echo "sqlxx ".$sql;
}else{
print "Esta nº de Pieza y este albarán de entrada de piezas' PUS' ya existen en la base de datos";
}
Saludos!