Campo input

[stramin]

En teoría debería bastar con poner el get del campo, tal como dijo funkii, lo pongo un poco más explicito:

<?php $filecounter=0; ?>
<input name="file[]" type="file" id="file" value="<?php echo $_GET["file[".filecounter."]"];filecounter++; ?>">
<input name="file[]" type="file" id="file" value="<?php echo $_GET["file[".filecounter."]"];filecounter++; ?>">
<input name="file[]" type="file" id="file" value="<?php echo $_GET["file[".filecounter."]"];filecounter++; ?>">

En cuanto a tu primer problema, NUNCA, usar elementos con la misma ID, aunque si pueden tener el mismo nombre:

<?php $filecounter=0; ?>
<input name="file[]" type="file" id="file<?php echo $filecounter; ?>" value="<?php echo $_GET["file[".$filecounter."]"];filecounter++; ?>">
<input name="file[]" type="file" id="file<?php echo $filecounter; ?>" value="<?php echo $_GET["file[".$filecounter."]"];filecounter++; ?>">
<input name="file[]" type="file" id="file<?php echo $filecounter; ?>" value="<?php echo $_GET["file[".$filecounter."]"];filecounter++; ?>">

Ahora si siempre serán 3 elementos a subir, mejor los defines con números:

<input name="file1" type="file" id="file1" value="<?php echo $_GET["file1"]; ?>">
<input name="file2" type="file" id="file2" value="<?php echo $_GET["file2"]; ?>">
<input name="file3" type="file" id="file3" value="<?php echo $_GET["file3"]; ?>">

De esta forma puedes validarlos por su nombre o id.

Te recuerdo que la mayoría de los navegadores (creo que todos) no permiten obtener la ruta de los archivos por seguridad, te entregan una ruta fake

%fake%/archivo.txt